Meskipun HP ini menawarkan sejumlah fitur yang mengesankan, terdapat beberapa Kekurangan POCO M3 yang perlu dipertimbangkan. Salah satu kekurangan yang mencolok adalah penggunaan bahan plastik pada bagian belakang dan bingkainya, memberikan kesan kurang premium dibandingkan dengan material lainnya seperti logam atau kaca. Desain plastik ini mungkin tidak sesuai dengan preferensi pengguna yang mencari estetika yang lebih eksklusif dan tahan lama.
Selain itu, meskipun POCO M3 memiliki kamera utama dengan resolusi tinggi, sistem kameranya terbatas dengan hanya dua lensa tambahan, yaitu lensa makro 2 MP dan sensor kedalaman 2 MP. Keberadaan lensa ultra-wide atau telefoto yang biasanya ditemukan pada ponsel sekelasnya mungkin menjadi kekurangan bagi mereka yang menginginkan variasi lebih dalam pengambilan gambar. Sebagai hasilnya, keterbatasan fitur kamera dapat menjadi pertimbangan penting bagi pengguna yang sering mengandalkan ponsel mereka untuk fotografi yang lebih kreatif dan beragam.